События Suikoden II происходят через год после событий оригинальной Suikoden. Игрок управляет персонажем, имя которого выбирает сам игрок, он приемный сын Genkaku - герой, который спас государство Джостон в войне против Хайленд год назад назад. Главный герой и его лучший друг, Джоуи Атрейдес, получили половинку Руны, один из 27 Рун Suikoden и началось противостояние темной судьбе тех, кто несет половинки Рун.