В этой игре сюжет закручивается вокруг 7 кристаллов хаоса, обладающих невероятной мощью. Их как обычно пытается прибрать к рукам злобный доктор Роботник (Эгман), чтобы с их помощью вырастить состоящего полностью из воды бога разрушения Хаосa. Коварный доктор решает использовать его в своих планах по захвату мира, так что Сонику и его друзьям снова придется помешать злодею осуществить его грязные планы.