Действие Mortal Kombat: Shaolin Monks разворачивается по окончании первого турнира Mortal Kombat, когда побежденный Shang Tsung пытается выбраться с территории острова, а два шаолиньских монаха, Kung Lao и Liu Kang, стараются ему помешать. Вам предстоит пройти через множество уровней, сражаясь по пути с остальными участниками турнира, спасающими свои жизни, а также новыми неведомыми врагами. В своем путешествии Вы повстречаете таких знаменитых персонажей серии Mortal Kombat, как Baraka, Kitana, Jade, Reptile и Sonya.

После концовки четвёртой части, Кадзуя и Хэйхати приходят в сознание. Внезапно происходит нападение на них роботов класса Jack подконтрольных G корпорации, Кадзуя подставляет своего отца и он взрывается вместе с храмом после детонации робота-камикадзе. Этот взрыв пробуждает демона Дзимпати Мисима, который годами был в заточении в подземелье храма. На этот раз победой в турнире будут деньги за его голову.

Bloody Roar возвращается. Игра стала еще более кровавой, мрачной и жестокой. К 14 персонажам, пришедшим из предыдущих частей, добавилось еще трое.